In de verre toekomst zijn de planeten nu verbonden met een enorm galactisch spoorwegsysteem. De Galaxy Express 999 is neergestort op een mysterieuze planeet. Aan boord zijn The Conductor, Killian, Maetel en Tetsuro, een tienjarige straatjongen met een hart van goud. Nu is het aan het SDF Sirius Platoon om hen te redden voordat het Herise Time Mystery – een breuk in de diepe as van tijd en ruimte – zich herhaalt.