심해 괴물의 공격으로부터 거대 로봇으로 맞서 지구를 막아낸 지 7년이 지나고 전 세계가 겨우 안정을 찾은 때, 더 거대해진 놈들이 다시 돌아온다. 이로 인해 양자 공학 박사 루소와 유기 생물학 박사 호로비츠는 긴급 대책 회의에 모인다. 한편 로봇 파일럿 팀원 한 명이 괴물의 공격으로 사망하여 파일럿 팀은 혼돈에 빠지고 로봇 시스템을 보충하여 전면전을 벌여야 한다는 루소와 괴물의 DNA구조를 알아내야 한다는 호로비츠의 갈등은 깊어져 가는데... 지체할 시간이 없다. 더 강력해진 괴물을 물리치고 다시 평화를 찾을 수 있을 것인가!