Toto je příběh špionáže zemí "socialistického bloku" ve Vatikánu a úspěšném papežově odboji při infiltrování jeho oponentů. Tvůrci filmu se pokusili odhalit zákulisí her zpravodajských služeb na půdě nejmenší evropské země - Vatikánu. Zvolení polského kardinála za hlavu katolické církve se událo v ten nejcitlivější moment v historii vztahů Západu s Východem. Jan Pavel II. byl výrazným podporovatelem polského opozičního hnutí, ale na druhé straně se netajil svou kritikou kapitalismu. Téměř úspěšný pokus o atentát na papeže v r.1981, který Jan Pavel II. přežil téměř jakoby zázrakem, se stal klíčovým momentem ve vývoji Studené války v Evropě ... Tajná operace Pontifex se snaží objasnit málo známé období dějin Studené války - s pomocí výpovědí svědků, tajných dokumentů a investigativní, kterou autoři uskutečnili v Itálii, Polsku, USA a Německu proniknete do zákulisí boje dvou světů a dvou znepřátelených systémů ...